בפירושו בתחילת פרשת וישלח, אומר רש"י (וכנראה מקורו מחז"ל): עם לבן הרשע גרתי ותרי"ג מצות שמרתי ולא למדתי ממעשיו הרעים.
המקור לכך שמניין המצוות הוא תרי"ג הוא כנראה במסכת מכות כג ע"ב:
דרש רבי שמלאי שש מאות ושלש עשרה מצות נאמרו לו למשה שלש מאות וששים וחמש לאוין כמנין ימות החמה ומאתים וארבעים ושמונה עשה כנגד איבריו של אדם. אמר רב המנונא מאי קרא (דברים לג, ד) תורה צוה לנו משה מורשה תורה בגימטריא שית מאה וחד סרי הוי אנכי ולא יהיה לך מפי הגבורה שמענום.
העמדת מצוות התורה על המניין המדוייק של תרי"ג הוא דבר מוקשה מכמה בחינות, כמה מהראשונים הקשו על כך, והרלב"ג אף חולק על המקובל שזהו מניין מדוייק של מצוות התורה.
בפועל המניין של תרי"ג התקבל בעם ישראל כמניין מצוות התורה.
יתכן אולי להעלות השערה שהמניין של תרי"ג אינו חידוש של רבי שמלאי, אלא מניין שהיה מקובל במסורת מדורות קודמים, וההגיון במניין כזה הוא כעזר לזיכרון:
כאשר רוצים לזכור משהו מבלי לכתוב, למשל כאשר הולכים לחנות ללא רשימת קניות, אפשר לזכור את מספר הפריטים שצריך לקנות, וכך זה עוזר להיזכר מה הם הפריטים שיש לקנות.
אולי בדורות הקודמים עוד לפני שהחלו לכתוב את התורה שבעל פה, עשו את הסימן הזה שמספר מצוות התורה הוא תרי"ג כדי לזכור את מניין המצוות. יתכן גם שרבי שמלאי עצמו הוא שעשה את המניין הזה כדי להקל על הזיכרון ואז גם הוסיף את הסימן של שס"ה ימות החמה ורמ"ח אברים כעזר נוסף לזיכרון.
